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第一阶段：前期准备与文件预审
这是清关工作启动的基础，在货物运抵前就应开始。
文件准备：清关公司会根据货物类型，指导或代您准备全套报关文件。必备文件通常包括商业发票、装箱单、提单（或到货通知）、合同以及填写准确的报关单。商业发票是海关评估货值、计征关税的关键依据，信息必须准确。
特殊单证办理：如果您的商品属于食品、化妆品、动植物产品、旧设备或危险品等监管类别，则需提前办理相应的进口许可证、卫生证书、检验检疫证明（如植物检疫证书）或装运前检验报告等。清关公司可以协助您申请这些证件。
信息与方案确认：您需要向清关公司提供准确的货物信息（如品名、型号、材质、用途等），以便其确定正确的商品编码。双方还需确认仓储方案（如使用普通仓或保税仓）及物流安排。
第二阶段：货物到港与单据交接
货物抵达深圳港口或机场后，清关公司将启动现场操作。
换单：清关公司会凭您提供的海运提单或空运运单，向船公司或航空公司指定的代理点换取提货单，这是后续从码头或机场提货的凭证。
现场提交单证：将准备好的全套纸质或电子单证递交给海关进行申报。
第三阶段：海关申报、查验与缴税
这是清关的核心环节，由海关主导进行审核与核查。
电子申报与审单：清关公司通过“中国国际贸易单一窗口”等系统向海关发送电子数据。海关计算机系统会对申报信息进行自动审核，若数据规范且风险较低，可能直接通过；若被系统抽中或申报内容存疑，则转入人工审核。
海关查验：海关根据风险分析，可能对货物实施查验。查验分为抽查（核对单据与货物是否一致）和彻底查验（拆箱逐件核对），后者耗时较长。查验会产生相应的服务费，通常由客户实报实销。
税费计算与缴纳：海关审单或查验通过后，会出具《税款缴款书》。主要税费包括：
关税 = 完税价格 × 关税税率。
进口增值税 = （完税价格 + 关税 + 消费税）× 增值税率。
您（收货人）需在规定时限内（通常为收到税单之日起15日内）通过银行或电子支付方式缴纳税款。
第四阶段：货物放行与提货派送
完成所有海关手续并缴清税费后，即可提取货物。
海关放行：海关在系统中对货物作放行处理。未被抽中查验的货物，放行速度较快。
安排提货：清关公司凭海关放行信息和提货单，安排拖车将集装箱从港口码头提走。
货物派送：根据您的要求，将货物运输至指定的仓库或工厂，完成卸货后，将空集装箱返还至指定地点。